Anche se il gene che viene introdotto, costituito di Dna, e la proteina da questi codificata non costituiscono di per sé un problema per la salute dato che generalmente sono naturalmente presenti in altri organismi e non sono assolutamente tossici per l’uomo, lo stesso processo di inserimento può modificare l’espressione di altri geni alterando i livelli di nutrienti o di tossine prodotte.
L’espressione di nuove proteine o l’alterazione dei livelli di alcune proteine prodotte normalmente può anche indurre reazioni allergiche più o meno acute. Del resto è nota l’intolleranza ad alcune componenti alimentari come il latte o il frumento di un numero cospicuo di persone.
Un altro possibile problema potrebbe derivare dal fatto che oltre al gene che conferisce alla pianta le caratteristiche desiderate viene generalmente introdotto anche un altro gene che funge da marcatore di corretto inserimento e che solitamente codifica per una proteina che conferisce resistenza ad un antibiotico. Anche se poco probabile è possibile un trasferimento di questo gene marcatore dalla pianta ai batteri con conseguente formazione di nuove specie batteriche resistenti allo stesso antibiotico. Per ovviare a questo possibile problema vengono generalmente utilizzati geni marcatori che non conferiscono resistenza ad antibiotici utilizzati in campo clinico.
La valutazione del rischio viene condotta dall’agenzia europea denominata Efsa (European Food Safety Agency) che valuta l’assenza di effetti nocivi su uomo, animali e ambiente, che il consumatore sia tutelato sia per quanto riguarda le informazioni sia per le caratteristiche nutrizionali del prodotto.